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核酸检测技术——LAMP VS qPCR

2025/3/12 16:53:33发布11次查看
核酸检测
核酸检测技术是一种用于检测、识别和分析dna(脱氧核糖核酸)和rna(核糖核酸)分子的方法,广泛应用于医学诊断、疾病监测、基因研究、环境监测等领域。核酸检测技术可以帮助科学家和医生了解基因组信息、疾病相关的基因变异、病原体的存在等重要信息。
常见的
核酸检测技术
01 pcr
聚合酶链反应(pcr):pcr是一种最常见和常用的核酸检测技术,用于在体外扩增目标dna片段。通过交替变换温度,pcr在特定引物的引导下,在dna模板的存在下进行多轮循环扩增,最终产生足够多的目标dna分子。pcr被广泛应用于基因分型、病原体检测、dna指纹分析等。
02 qpcr
实时定量聚合酶链反应(qpcr):qpcr结合了pcr技术和荧光探针技术,能够实时监测反应中扩增产物的积累量。它不仅可以定性地检测目标核酸的存在,还可以定量地测定目标核酸的数量。qpcr在基因表达分析、病毒载量测定等领域广泛应用。
03 rt-pcr
逆转录聚合酶链反应(rt-pcr):rt-pcr用于将rna模板逆转录为相应的dna,然后进行pcr扩增。它常用于研究基因表达、病毒核酸的检测以及细胞外rna的分析。
04 lamp
循环介导等温扩增(lamp):lamp是一种在等温条件下进行核酸扩增的技术,不需要复杂的温度循环。lamp适用于迅速、特异性高的核酸检测,常用于病原体检测、环境监测等。
05 核酸杂交
核酸杂交检测(southern blot、northern blot):核酸杂交是一种通过分子互补性来检测核酸序列的方法。它可以用于检测目标序列的存在、研究基因组结构变异、进行rna表达定位等。
06 测序技术
核酸序列分析技术(测序技术):核酸序列分析技术如sanger测序、下一代测序(ngs)等能够快速高效地测定核酸分子的序列,用于研究基因组结构、变异检测、基因功能等。
07 核酸芯片
核酸芯片技术:核酸芯片可以同时检测大量核酸分子的存在。它在基因表达分析、基因检测、病毒检测等领域具有广泛应用。
lamp技术
环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,lamp)是一种分子生物学技术,用于在等温条件下快速扩增dna或rna分子。与传统的聚合酶链反应(pcr)相比,lamp技术不需要复杂的温度循环,只需要恒定的温度即可实现核酸的高效扩增。lamp主要分为以下几个步骤:生产用于反应的起始材料,循环扩增和伴随循环的延伸和再循环。
01 生产用于反应的起始材料:
引物设计:lamp扩增过程中使用了多个引物,包括两对外部引物(f3和b3)以及两对内部引物(fip和bip),以及一个环引物(loop primer)。这些引物的设计是基于目标dna或rna的特定序列,以确保高度特异性的扩增。
02 循环扩增:
生产哑铃状结构的形成外部引物较短(21-24bp),并且在反应混合物中的浓度较低,与模板结合的速度比内部引物慢。向前和向后的内部和外部引物与bstdna聚合酶(在60-65°c下显示出高链置换活性)相结合,形成哑铃状dna结构
03 伴随循环的延伸和再循环:
随后的阶段涉及自引模板的指数扩增和链的替换,从而产生双链dna的混合物。lamp的最终输出是花椰菜状结构。
与pcr不同,lamp在单一温度下(通常为60-65℃)进行扩增,因此不需要温度循环。这有助于操作简单且耗时较短。
04 特殊结构的引物:lamp技术中的引物具有特殊的结构,其中fip(forward inner primer)由f1c和f2组成,bip(backward inner primer)由b1c和b2组成。这些引物的结构促使在扩增过程中产生大量的特定结构的产物,从而进一步提高扩增效率。
05 自我启动的扩增过程:lamp技术通过自我启动的过程在目标核酸序列上进行扩增。一旦引物与目标序列的互补区域匹配,引物的结构促使产物不断生成,形成一个dna“蘑菇云”状的结构。
06 环结构的形成:lamp扩增的一个关键特征是环结构的形成。在lamp扩增过程中,loop引物在互补区域与目标序列结合,促使产物的循环形成。这种环结构不仅稳定了产物,还使得新的引物不断与目标序列结合,从而实现高效扩增。
07 产物分析:lamp扩增产物通常通过肉眼可见的方法进行分析,例如使用荧光染料,ph指示剂或者裸眼观察沉淀物等。产物的积累会导致可观察的变化,从而确定扩增是否成功。
lamp技术与qpcr技术的区别
扩增原理:
lamp:等温扩增技术,且引物设计与扩增动力学都很复杂。
qpcr:在不同温度下进行的循环性核酸扩增技术,通过荧光信号监测扩增产物的积累,实现定量分析。
温度条件:
lamp:一个恒定的等温环境(通常在60-65°c),对设备要求较低。
qpcr:qpcr需要多个温度循环,包括变性、退火和延伸阶段,需要精确的温控设备。
引物设计:
lamp:使用多个引物,包括外部引物、内部引物和环引物。这些引物的设计相对复杂,要求特定的序列和结构。
qpcr:使用少量的引物(通常一对引物),引物设计相对简单,需要特异性和合适的引物序列。
实时监测:
lamp:产物通常通过肉眼可见的方式来判断,也可以使用荧光染料等进行增强。
qpcr:利用荧光探针或sybr green等荧光信号实时监测扩增产物的积累,可以定量分析。
lamp与qpcr相比有哪些不足?
由于lamp方法与qpcr方法各自的特点,导致这两种检测手段分别有其不同的适用范围。
与qpcr相比,lamp有以下不足:
产物结构复杂:lamp扩增产物呈现出高度分支的簇环结构,这种结构可能对产物的纯化和后续分析造成一些挑战
不适用于大片段扩增:lamp技术相对适用于短片段的核酸扩增,不太适用于较长片段的扩增,这一点与传统pcr方法不同。
定量困难:lamp技术的产物数量与起始模板数量之间的线性关系可能较差,因此在定量方面存在一定的局限性。
部分产物难以区分:lamp反应产物包括多个簇环结构,其中有些结构可能与非特异性产物难以区分,可能对结果解释带来困扰。
lamp:适用于快速、初步的检测,如一些疾病的早期筛查,野外环境中的检测等。
如:临床中的一些疾病检测试剂盒。
qpcr:在精确定量和定性检测方面表现出色,广泛用于病原体检测、基因表达分析等。
如:支原体qpcr检测试剂盒
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