1、灭绝师太不喜欢张无忌，这还要从武当和峨眉两派的渊源讲起。
2、金庸的每一部小说中江湖都有门派的主导者，他们负责维持江湖的秩序，在金庸先生的其他小说中，每一部小说都有两个江湖的门派作为主导者。而在《倚天屠龙记》中，一直还没有江湖的主导者，而在剧中，最有资格当江湖的主导者就只有武当派和少林这两大派。但是少林一直认为早年的张三丰是从少林出去的叛徒，所以一直不和武当派联合起来。所以也就导致了江湖六大门派中一直没有主导者。
所以，峨眉派一直在尝试着和武当派联合起来，从一开始将纪晓芙嫁到武当殷梨亭这边来，一直尝试与武当联亲。但在后来张无忌掌握明教出现，凭着张无忌与张三丰的关系，并且张无忌还是明教的教主，就这层关系，两大门派之间就足以组成联盟。并且这一层关系也是最铁的。但如果明教和武当联盟的话，那峨眉就再无出头之日了。所以，灭绝师太一直阻碍周芷若和张无忌，并立下遗嘱让周芷若永远不与张无忌在一起。